L'histoire se passe en l'an 2356 après Jésus-Chris - 189 ans après qu'une supernova éloignée ait explosée et détruit 99% de la population mondiale. Pour garder une trace de toute activité de l'espace, l'humanité a bâtit des stations spaciales colossales appelées "fondations" partout dans le système solaire. Après avoir réussis l'examin pour entrer a l'Académie de l'Espace, Shima Katase déménage sur la fondation de la Terre, Stellvia, pour réaliser son rêve de voir la galaxy et de prévenir une autre catastrophe interstellaire qui pourrait détruire la Terre et le système solaire en entier.

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